Plus de 140.000 espèces de virus identifiées dans nos intestins, dont la moitié inconnues des chercheurs

Depuis le début de la pandémie, le SARS-CoV-2 et ses variants sont au centre des préoccupations, nous faisant craindre le développement de nouveaux virus. Pourtant, ces derniers ont toujours existé partout autour de nous… dans nos intestins eux-mêmes. Une étude publiée dans la revue Cell en février dernier, révèle plus de 140.000 espèces virales, dont la moitié étaient encore inconnues de la science.

Le biochimiste Alexandre Almeida, de l’Institut de bioinformatique du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL-EBI) et du Centre Sanger (Angleterre), explique dans un communiqué :

Ces échantillons provenaient principalement d’individus en bonne santé qui ne partageaient aucune maladie spécifique. C’est fascinant de voir combien d’espèces inconnues vivent dans notre intestin et d’essayer de démêler le lien entre elles et la santé humaine.

Des agents infectieux indispensables

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Au total, 28.000 métagénomes individuels (séquençage d’ADN d’échantillons de microbiome intestinal) collectés dans différentes parties du monde ainsi que près de 2.900 génomes de bactéries intestinales cultivées ont été analysés. Résultat ? 142.809 espèces virales résideraient dans l’intestin humain. Plus précisément, un type spécifique de virus connu sous le nom de bactériophage, infectant (comme son nom l’indique) les bactéries (cf. vidéo en tête d’article).

Si le microbiome intestinal (ou flore intestinale) est habité par un mélange particulièrement diversifié d’organismes microscopiques, les bactériophages jouent un rôle important dans notre ventre, puisqu’ils servent (grossièrement) à en réguler la santé. Et pour cause, ils aident à pallier d’éventuels déséquilibres qui peuvent contribuer à des maladies complexes, telles que les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, les allergies et l’obésité.

“Tous les virus ne sont pas nocifs”

Finalement, cette nouvelle base de données, appelée Gut Phage Database (GPD), permet aux chercheurs d’en apprendre plus sur le comportement des virus, notamment dans notre propre organisme.

Il est important de se rappeler que tous les virus ne sont pas nocifs, mais qu’ils font partie intégrante de l’écosystème intestinal. […] la plupart des virus que nous avons trouvés ont de l’ADN comme matériel génétique, qui est différent des agents pathogènes que la plupart des gens connaissent, comme le SARS-CoV-2 ou le Zika, qui sont des virus à ARN, assure Alexandre Almeida.

La recherche sur les bactériophages connaît actuellement une renaissance, ajoute le microbiologiste Trevor Lawley, du Centre Sanger également.

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